Young, ook de spirituele leider van de kolonisten van de Mormonen in Utah, had geen hoge reputatie van federale officieren in het algemeen. Hij noemde hen "hond en stinkdieren ... hierheen gezonden door het gezag van de regering om te regeren over mannen zo ver boven hen als ze zijn boven de lage en wrede dieren die ze zo getrouw vertegenwoordigen." Maar Burr stelde een bijzondere bedreiging. Hij had zijn naam mapping states verder naar het oosten gemaakt, maar zijn taak in Utah was een heel ander soort werk. Hij en zijn mannen waren bedoeld om het land van het grondgebied te verkavelen in percelen die verkocht of geregeld konden worden, en aan de mormoonse gemeenschappen die al op een deel van het land woonden, was dat werk een bedreiging. Zodra de federale overheid de grond onder hun voeten had gemeten, was er geen garantie dat ze zouden blijven.
In de jaren 1850, Utah, "creëerde geen enkel conflict meer leed dan de gevechten over federale landonderzoeken", schrijft historicus en professor emeritus aan de Brigham Young University, Thomas G. Alexander. Twee jaar lang werden Burr en zijn team lastig gevallen, bespioneerd en beschuldigd van fraude. In die tijd stuurde Burr verontrustende berichten terug naar Washington en waarschuwde president Buchanan dat de mormonen in Utah zich voorbereidden op de strijd..
Slechts twee jaar nadat ze waren aangekomen, nadat ze 2,5 miljoen hectare hadden onderzocht - een klein deel van het territorium - vluchtten Burr en zijn team het gebied uit in angst voor hun leven, en Buchanan stuurde 2500 troepen om een nieuwe gouverneur te installeren.
Mormoonse kolonisten kwamen voor het eerst naar Utah in 1847, nadat de oprichter van de kerk, Joseph Smith, werd vermoord door een menigte in Illinois. Smiths volgelingen hadden zich in Illinois gevestigd nadat de gouverneur van Missouri, hun vorige huis, hen had bevolen "uitgeroeid". Young, de nieuwe leider van de groep, besloot naar het westen te verhuizen, naar het isolement en de vrijheid van de woestijn. Niet lang daarna vestigden de Mormonen zich bij het Great Salt Lake, maar de Verenigde Staten namen het gebied in bezit als buit van de Mexicaans-Amerikaanse oorlog en de aanhangers van de kerk werden opnieuw onder druk gezet en botsten met onsympathieke en vaak bevooroordeelde Amerikaanse politici.
Hoewel sommige kolonisten al bijna tien jaar op het grondgebied woonden, hadden ze weinig aanspraak op het land dat ze bewoonden. De federale overheid erkende tot op zekere hoogte nog steeds de grondvorderingen van lokale stammen, maar beschouwde zichzelf uiteindelijk als de eigenaar van alle grond in Utah. Hoewel de wetgever van Utah landgebruikswetten en geautoriseerde county-enquêtes had opgesteld, leefden kolonisten nog steeds buiten elk raamwerk dat hen in staat zou stellen wettelijke grondclaims te doen, dus het werk van de landmeter was een bron van grote bezorgdheid voor hen.
Jong en zijn bondgenoten hadden geen ongelijk om achtervolgd te worden over Burr, zelfs als ze achterbakse strategieën gebruikten om hun zorgen te bevestigen. Ze onderschepten de post van Burr en ontdekten dat hij klachten naar Washington stuurde. Salt Lake City, zo vertelde hij, was groter dan een stad waar het volgens de federale wetgeving mocht zijn. Burr maakte zich ook zorgen over de macht en invloed van de mormoonse kerk. Het gebied gaf de controle over schaarse bronnen - zoals het hout dat alleen in canyons groeit - naar prominente Mormoonse leiders, die geacht werden ze voor het algemeen belang te beheren. Ook moest ongeveer een derde van de leden van de kerk geven welke wettelijke rechten zij konden claimen op hun land aan Young en de kerk, een regeling die Burr zag als een gevaarlijke samenvoeging van kerk en staat.
Na het lezen van de post van Burr, confronteerde een groep territoriale functionarissen, waaronder de waarnemend procureur-generaal en de territoriale maarschalk, hem. Hij moest stoppen met het schrijven van deze brieven, vertelden ze hem, en "ze zouden altijd weten of hij dit opnieuw deed", aldus Alexander, de historicus.
Tegelijkertijd voerden mormoonse leiders hun eigen epistolaire campagne tegen Burr. De Landmeter-generaal, volgens Young, "was nooit iets anders dan een grommende pup, snauwend en bijtend op alles wat in de weg komt ... de regering op grote schaal op de hielen zit, al het onderzoek dat door zijn partij is gedaan, is niet de moeite waard "Hoewel ze de onderzoekslijnen moesten markeren met permanente monumenten, schreef Young:" ze steken kleine staken neer die de wind bijna zou kunnen omver blazen .... Geen spoor van alles wat ze doen zal worden achtergelaten om te markeren waar ze in vijf jaar zijn geweest. '
Als Burr en zijn team niet hun beste werk deden, kan dat deels zijn veroorzaakt door de obstructie waarmee ze geconfronteerd werden door kolonisten. Eén inspecteur, Charles Mogo, liet zijn ossen stelen en moest met één team van bewakers op één klus gaan. Ze ontvingen berichten dat mormonen probeerden de inheemse stammen tegen hen te keren door te zeggen dat ze kwamen om het land mee te nemen - wat niet onjuist was, zelfs als dit niet het verklaarde doel van het onderzoek was. In sommige gevallen verwijderden vijandige Mormonen volgens Burr eenvoudig de markeringen die zijn team had neergelegd.
Al snel escaleerden deze spanningen tot geweld. Een andere Burr-inspecteur, Joseph Troskowlawski, werd bijna tot verlamming geslagen. Zondagspreken begonnen Burr en zijn mannen bij naam te noemen en spraken tegen hen. Burr ging snel weg en federale troepen kwamen binnen. Het resulterende conflict, de oorlog in Utah, was niet bepaald een blijk van sterkte door de regering van Buchanan. Na een twee jaar durende impasse met Young en zijn mensen, beëindigden de onderhandelingen het conflict en brachten ze een nieuwe territoriale regering binnen. Het was een blauw oog voor de president, die ervan beschuldigd werd te handelen in haast en onwetendheid, of om de troepen die hij had gestuurd onvoldoende te bevoorraden..
Het personeel dat Burr achterliet deed het ook niet goed. Mogo werd beschuldigd van het stelen van paarden en werd bijna gestenigd door een Mormoonse menigte. Hij vluchtte - zonder zijn zwangere vrouw. (Hun pasgeboren zoon zou later op een koude en besneeuwde reis sterven om zich bij hem te voegen.) Een kantoorbediende, C.G. Landon, werd geslagen met stenen en knuppels maar wist te ontsnappen. Een menigte vond hem twee dagen later thuis, in bed, verzorgde zijn wonden en hij moest uit een raam op de tweede verdieping springen om te ontsnappen. Hij liep op blote voeten uit Salt Lake City en verdween. Maandenlang hoorde niemand van hem en hij werd verondersteld dood voordat hij uiteindelijk maanden later in Placerville, Californië, honderden kilometers verderop verscheen.
Terug in Washington probeerde Burr zichzelf uit te leggen en vroeg hij zelfs na de oorlog terug te keren naar zijn functie. Maar het Generaal Landkantoor ontsloeg hem en liet zijn vervanger, Samuel C. Stambaugh, de beschuldigingen van slordig onderzoek onderzoeken. In zijn rapport was Stambaugh niet aardig. Hij vond dat Burr schuldig was aan 'grote nalatigheid ... door zijn plaatsvervangers niet goed te controleren', en de enquêtes zelf faalden. Al het werk moest worden gedaan. Hoewel de spanningen enigszins waren verdwenen, was de nieuwe landmeter niet veel vriendelijker voor Mormon-belangen dan Burr was geweest. Hij beval de federale regering aan geen land te verkopen totdat het congres "andere emigranten dan Mormonen naar het grondgebied kon lokken".
Het zou nog eens negen jaar duren voordat de federale overheid een landkantoor zou openen om de verkoop van land aan kolonisten, ver na aangrenzende gebieden, te vergemakkelijken. Utah werd pas in 1896 een staat, opnieuw, jaren na de Dakotas, Montana, Idaho en Wyoming. Zelfs toen bleef de federale overheid wantrouwig tegenover de mormoonse bevolking van de staat: Utah werd alleen in de Unie toegelaten op voorwaarde dat de officiële steun van de kerk voor polygamie werd afgeschaft.