Dat maakt een voorheen onbekend, bijna spookachtig portret van de geëxecuteerde koningin, een historische vondst.
Tijdens het onderzoeken van een reeks schilderijen van twee Nederlandse kunstenaars die in Schotland werken, ontdekte conservator Caroline Rae de witte lijnen van het portret van een vrouw onder een schilderij van een Schotse edelman. Rae gebruikte röntgenfotografie om de technieken van de kunstenaars Adrian Vanson en Adam de Colone te onderzoeken. Het verborgen portret kwam als een verrassing.
De koningin, Mary Stuart, werd in Engeland in gevangenschap gehouden vanaf 1568, nadat ze gedwongen was afstand te doen van de Schotse troon. Ze behield enige populariteit onder haar katholieke aanhangers en het portret werd waarschijnlijk in opdracht van een hooggeplaatste Schotse katholiek gemaakt, De onafhankelijke rapporten.
Adrian Vanson begon rond 1586 met het portret en had vooruitgang geboekt op haar gezicht, hoed en hals voordat ze het werk verliet. Hij zou niet hebben gewerkt aan het leven, maar waarschijnlijker aan een paar miniaturen die hij niet lang daarvoor had gemaakt. Maria werd in 1587 geëxecuteerd omdat ze tegen het leven van koningin Elizabeth had geparticipeerd, en gezien het politieke klimaat, lijkt de persoon die het werk in opdracht heeft gemaakt er beter over te hebben nagedacht.
In 1588 schilderde Vanson het originele portret en transformeerde het in een portret van een Schotse edelman, Sir John Maitland, kanselier van de Schotse koning. Maar elementen van het originele portret bleven: Maria's onvoltooide jurk werd zijn doublet en haar rechterhand werd mannelijker en werd opgenomen in het nieuwe werk. Eeuwenlang vermoedde niemand dat het verloren werk zich onder dit portret verborg, totdat de röntgenfoto Maria daar beneden onthulde.